Der Flügelaltar (s. auch Inv.Nr. 2597, 2599, 2600) ist eine der bedeutendsten Arbeiten der Südtiroler Malerei und ein Hauptwerk des Künstlers. Mit Mitteln der Malkunst ahmt Pacher einen plastischen Schrein nach – allerdings nicht wie aus Holz geschnitzt, sondern wie aus Stein gehauen. Dargestellt sind die vier großen Lehrer der westlichen Kirche. Von den Gerätschaften ihrer Gelehrsamkeit und Schriftstellerei umgeben, ist die Quelle, aus der sie schöpfen, die göttliche Inspiration. Sie erscheint in Gestalt der Taube des Heiligen Geistes. Pacher gab hier sein Bestes: Sowohl die Raumgestaltung als auch die Lichtführung von rechts sind konsequent durchdacht und gestaltet. Erstaunlich sind die kleinen perspektivischen Sensationen, wie die Lesepulte, die Kinderwiege, die vorstoßende Gebärde des Augustinus, insbesondere aber die auf ihn zufliegende Taube.